Адвокату Байбурина 7 ноября по телефону позвонил не назвавший себя сотрудник оперативного отдела колонии и сообщил, что Байбурин будет освобожден 14 ноября в 10 утра. Домой богослов не прибыл, хотя от колонии до его квартиры в Уфе можно доехать за получаса. По словам адвоката Светланы Авджаевой, всем остальным заключенным колонии, освобождаемым в этот день, оформления положенных формальностей началось в 10 утра. В спецчасти колонии адвокату был предъявлен оригинал справки об освобождении Байбурина. В ней местом убытия указан не город Уфа, где Байбурин проживает, а Алма-Аты, Казахстан. По существующим нормам, оригинал справки об освобождении может находиться только на руках у освобожденного.
Начальник спецчасти колонии Татьяна Попова не опровергла предположения адвоката о том, что Байбурин вывезен из колонии сотрудниками спецслужб. По предположению Авджаевой, Байбурина могли принудительно, без уведомления адвоката, доставить в суд для оформления депортации в Казахстан, гражданином которого Байбурин является.
Напомним, что исламский богослов Байбурин исполнял обязанности преподавателя мечети "Фаляк" в Уфе. 15 мая 2007 года его остановили сотрудники ГИБДД Уфы и под предлогом проверки номеров двигателя и кузова принадлежавшей ему автомашины "Москвич" доставили в Ордженикидзенский РОВД. В ходе обыска в машине Байбурина якобы нашли 400 граммов тротила, детонатор и героин. Свою вину Байбурин не признал и назвал произошедшее провокацией.
В дальнейшем, следствие было вынуждено снять обвинения в хранении оружия и наркотиков, но обвинило Байбурина в призывах к экстремистской деятельности. Адвокат заявляет о многих процессуальных нарушениях, допущенных в ходе следствия: нарушен порядок предъявления подследственному материалов дела для ознакомления, обязывающий предоставить на это не менее тридцати суток, адвокат была лишена возможности исследовать вещественные доказательства обвинения – несколько изъятых компьютеров и содержимое их жестких дисков, так как независимый технический специалист, не был допущен к работе с ними.
На предварительном слушании мировой судья Верещак отказала защите Байбурина в праве подать ходатайства об исключении незаконных доказательств. Заседание суда проводится не в зале, а в кабинете, куда допустили только троих из числа желающих присутствовать на процессе. 21 ноября, недовольные тем, что один из посетителей производил аудиозапись процесса, судебные приставы грубо вывели его из здания суда и цинично оскорбили адвоката Авджаеву. Обвинение выставило несколько анонимных свидетелей обвинения, которые в соответствии с статьей 278 УПК РФ должны давать показания скрытыми от визуального наблюдения. Мировой судья определила, что эти свидетели находились в другом помещении и отвечали на вопросы письменно. Защита заявила протест, так как подобное ведение допроса лишило ее возможности поведения очных ставок с обвиняемым, и кроме того, защита в принципе не могла удостовериться в фактическом существовании свидетелей.
Допрошенные анонимные свидетели не смогли подтвердить доводы обвинения, но заявили, что Байбурин виноват в том, что "ваххабит", носит бороду, бреет голову и тому подобное. Вместе с тем, настоятель мечети "Фаляк" сказал, что в течение года контролировал уроки и лекции Байбурина, и что они соответствуют традиционному исламу, исповедуемому в России. 16 апреля 2008 года Байбурин был приговорен к 1 году и 6 месяцам тюремного заключения. Рассмотрение аппеляции проводилось без его адвоката. Общественный защитник на него не был допущен, без объяснения причин.
