Ранее глава концерна был объявлен в федеральный розыск, и ему заочно предъявили обвинение по двум статьям УК РФ: 172 (незаконная банковская деятельность) и 174 (легализация денежных средств, приобретенных в результате совершения преступления).
По версии следствия, Линшиц в составе организованной группы совершал незаконные банковские операции, в результате которых получил незаконный доход в размере 57 млрд рублей, 610 млн из которых удалось легализовать. Ранее сообщалось также, что, по мнению Генпрокуратуры, Линшицем совместно с группой граждан были открыты счета различных подставных фирм, в том числе зарегистрированных в оффшорных зонах. Все хозяйственные сделки и управление расчетными счетами этих предприятий осуществлялось, как говорят официальные представители правоохранительных органов, при непосредственном участии КБ "Нефтяной".
В декабре 2005 года следователи провели выемку документов в банке "Нефтяной". Через несколько дней после этого Борис Немцов покинул пост председателя совета директоров концерна, чтобы "исключить всякие политические риски" в деятельности банка.